Форт «Граф Милютин» находится на 1 км южнее главного корабельного фарватера, проходящего вдоль острова Котлин, и в свое время был одним из самых необычных, передовых и современных в составе Кронштадтской крепости. Форт назван в честь Дмитрия Алексеевича Милютина (1816–1912 гг.), Военного министра (1861–1881 гг.), автора военной реформы, последнего генерал-фельдмаршала Российской империи. Первоначально фортификационное сооружение именовалось Третьей южной, затем – Башенной батареей. Современное название дал император Александр II, посетивший Башенную батарею 23 июля 1880 г.
Предшественники форта «Граф Милютин»
Первая артиллерийская батарея, получившая в будущем название Третьей южной, была создана в начале XIX в. Необходимо было дополнительно укрепить подходы к Кронштадту, для этого следовало выстроить батарею западнее форта «Рисбанк» («Павел I»). Защита юго-западного фланга и тыла этого форта была задачей данной батареи. Временная батарея была деревянной, строилась на сваях и очень страдала от наводнений. Современное местоположение форта «Граф Милютин» не соответствует первоначальной позиции Третьей южной батареи, фактически примыкавшей к форту «Рисбанк». Тем не менее, впоследствии форт «Милютин» унаследует её номер.
Судьба Южной батареи № 3 определилась только в ноябре 1865 г. во время её посещения генерал-адъютантом Э. И. Тотлебеном, – батарея перестраивалась в башенную, но не на прежнем месте, а выдвигалась к западу. Таким образом, приступили к строительству новой батареи, с сохранением номера прежней уже на современном месте. В 1868 г. начатую постройкой батарею по указу Императора Александра II переименовали в Морскую южную батарею № 3 «Башенную».
Строительство форта «Граф Милютин» 1868–1879 гг.
Форт представляет собой искусственный остров, он построен на ряжах со свайным укреплением. Такая технология создания фортов применялась и при строительстве других морских батарей Кронштадтской крепости.

После Крымской войны 1853–1856 гг. началось постепенное усиление и перестройка крепости. Вместе с тем, середина XIX в. стала эпохой, когда происходит качественный скачок в развитии артиллерии. Вместо гладкоствольных пушек, имевших недостаточную дальность и точность стрельбы, начинают широко применяться нарезные орудия. На военных кораблях с 1860-х гг. всё более активно используется броня. Тогда же в Англии и США начинают испытывать башенные установки, подобные им в дальнейшем и были установлены на Третьей Южной батарее. Строительство шести броневых башенных установок системы К. Кольза на Третьей Южной батарее стало новой страницей в истории обороны Кронштадтской крепости.