«Южная батарея № 3» сооружена в 1865 – 1879 гг. по проекту знаменитого военного инженера Э. И. Тотлебена и занимала важнейшую роль в общей оборонительной системе. Изначально батарея была снабжена 500-тонными бронированными башенными установками системы Кольза с 11-дюймовыми корабельными орудиями. Башни вращались на 360° при помощи паровых машин, 240-килограммовые снаряды подавались к орудиям также паровыми машинами. Броня башен выдерживала прямое попадание полутонных снарядов.
Внутри форта расположены казематы для личного состава и пороховые склады. Фасад сооружения был богато украшен для подобных построек, центральный вход был выполнен из красного гранита и внешне напоминал старинный замок. В 1880 г. «Южную батарею №3» посетил император Александр III, и по его указу она была переименована в форт «Граф Милютин» в честь военного министра-реформатора.
Форт был основательно модернизирован в 1914 г. к Первой мировой войне.
В годы Великой Отечественной войны форт «Граф Милютин» был вооружен зенитными установками и принимал активное участие в обороне Ленинграда и Кронштадта.
В послевоенные годы форты Санкт-Петербурга были разоружены, заброшены и разграблены. Сейчас находятся под охраной ЮНЕСКО. Компания «Агентство Развития Инфраструктуры. Туризм» ведет работы по реставрации и приспособлению под современные нужды форта «Граф Милютин».